Medische microbiologie
Medische microbiologie wordt beoefend door een arts-microbioloog (medisch specialist) of een medisch microbiologisch onderzoeker. Het vak speelt zich af in een laboratorium, soms in, soms buiten een ziekenhuis. In het laboratorium worden patiëntmaterialen onderzocht, afkomstig van patiënten die worden verdacht van een infectieziekte. Voorbeelden zijn urineweginfecties, luchtweginfecties en bloedbaaninfecties. Urine, opgehoest materiaal uit de luchtwegen (sputum) of bloed worden onderzocht op het voorkomen van bacteriën, virussen, parasieten en schimmels (waartoe behoren de gisten).
Inhoud |
[bewerk] Bacteriologisch onderzoek
Voor bacteriën gebeurt dit onder meer door de materialen onder de microscoop te bekijken, en door ze vervolgens op een voedingsmedium in een petrischaal te brengen waarna deze wordt geïncubeerd (op geschikte temperatuur, vaak 37 graden). Na een of meer dagen groeien de micro-organismen, die verder kunnen worden gedetermineerd (onderwerpen aan testen, zodat ze van een naam kunnen worden voorzien). Van de bacteriën kunnen dan vaak resistentiespectra worden bepaald, waardoor bekend wordt voor welke antibiotica zij gevoelig zijn.
[bewerk] Virologisch onderzoek
Virussen groeien niet direct op voedingsbodems, zij hebben cellen nodig waarin zij zich kunnen vermenigvuldigen. Daartoe worden in buizen of kunststof plaatjes met putjes cellen gekweekt van menselijke of dierlijke herkomst totdat een zogenaamde cellaag ontstaat, die een enkele cel dun is. Deze buizen of plaatjes met cellen worden bewaard totdat een patiëntmateriaal voor onderzoek wordt aangeboden, dat op de cellaag wordt gebracht. De gekweekte cellen worden dagelijks met een microscoop bekeken. Als het patiëntmateriaal een virus bevat gaat na enkele dagen incubatie de cellaag veranderen: het cytopathologisch of cytopathogeen effect (CPE). De manier waarop dit gebeurt is per virussoort anders, zodat de eerste waarneming al een deel van de conclusie biedt. De definitieve naamgeving gebeurt onder meer met fluorescentie of neutralisatie. Fluorescentie berust op het aankleuren van de aangedane cellen met tegen het virus gerichte antistoffen die gekoppeld zijn aan een fluorescerende stof. Onder het fluorescentiemicroscoop kleuren de aangedane cellen aan, indien de juiste antistof is gekozen. Neutralisatie berust op het feit dat virusgroei, bij overenting van de virusstam geremd wordt door specifieke antistoffen; groeit de stam niet in de met antistof bewerkte cellaag en wel in de onvoorbereide cellaag, dan is de virussoort herkend en kan de uitslag worden afgegeven.
[bewerk] Parasitologisch onderzoek (parasitologie)
De meeste parasieten komen voor in het maagdarmkanaal (voorbeelden zijn lintworm en amoebe). Bij de diagnostiek kan daartoe onderzoek worden gedaan van de feces (ontlasting). Met speciale kleuringen kan de parasiet onder het microscoop herkend worden. Andere parasieten komen voor in de bloedbaan (voorbeeld malaria). Hierbij wordt bloed afgenomen en na kleuring onderzocht onder het microscoop.
[bewerk] Serologisch onderzoek (serologie van infectieziekten)
Een andere benadering van de diagnostiek is de serologie, waarbij niet het micro-organisme zelf, maar de antistoffen die door de patiënt in reactie op het micro-organisme zijn gemaakt, worden onderzocht. Daartoe wordt bloed afgenomen bij de patiënt en het serum dat na stolling wordt afgescheiden onderzocht. Klassiek wordt direct tijdens de ziekte bloed afgenomen en na genezing opnieuw. Het zo verkregen zogenaamde serumpaar wordt in samenhang onderzocht, waarbij in het eerste serum geen, en in het tweede wel antistoffen worden aangetroffen. Naar die antistoffen wordt gericht gezocht met delen van micro-organismen (m.o.) die speciaal zijn geprepareerd voor de diagnostiek. Bekende antistoftesten zijn de complement-bindingsreactie, de immuno-fluorescentietest en de Elisa, enzyme-linked-immuno-sorbent-assay.
[bewerk] Moleculair-biologisch onderzoek
De laatste jaren worden veel klassieke onderzoekstechnieken aangevuld met of vervangen door moleculairbiologische methoden. Vaak is onderzoek naar de aanwezigheid van bacteriën of virussen te versnellen door het DNA of het RNA ervan aan te tonen in het patiëntmateriaal. Daartoe wordt gebruikgemaakt van de polymerase-kettingreactie (PCR) of van andere technieken (bv. NASBA).
[bewerk] Werk van de arts-microbioloog
De huisarts of specialist in een ziekenhuis komt vaak in overleg met de arts-microbioloog als er een infectie wordt vermoed. Samen met de arts-microbioloog wordt aan de hand van het verhaal van de patiënt (anamnese) en bevindingen bij lichamelijk onderzoek een aantal mogelijke diagnosen overwogen en er wordt afgesproken welke materialen zullen worden ingestuurd voor onderzoek en welke antimicrobiële middelen aan de patiënt worden toegediend na afnemen van de materialen. Vaak wordt gedurende de volgende periode de klinische diagnose duidelijker en kan de laboratoriumdiagnose daarbij worden gepast. Eventueel wordt de therapie aangepast gedurende dit proces.
Andere taken van de arts-microbioloog zijn:
In het ziekenhuis:
- Ziekenhuishygiëne:
Ziekenhuisinfecties (ZHI) zijn infecties die in het ziekenhuis ontstaan 24 uur na de opname. Sinds omstreeks 1960 is het bewustzijn van het gevaar van ZHI gegroeid. Verschillende factoren liggen hieraan ten grondslag. Ingrepen in het menselijk lichaam worden steeds invasiever, instrumenten worden binnengebracht in steriele ruimten (intubatie als iemand beademd wordt); m.o. krijgen daarmee een kans de afweermechanismen (ophoesten, functie trilharen) te ontlopen. Ook worden door toenemend antibioticumgebruik m.o. ongevoelig voor antimicrobiële middelen, van betekenis voor de individuele patiënt, maar ook voor andere patiënten. Dit betekent dat in ziekenhuizen bronnen van infecties (patiënten dan wel objecten, instrumentarium) moeten worden opgespoord en geïsoleerd of geëlimineerd. Het gebruik van antimicrobiële middelen in ziekenhuizen leidt tot resistentie van m.o. daartegen. Verschillende micro-organismen zijn inmiddels bekend vanwege de last die het ziekenhuisbedrijf en daarmee ook de patiënt ervan ondervindt: Meticilline-Resistente Staphylococcus aureus (MRSA), Clostridium difficile (Clostridium Difficile Associated Disease, CDAD), Vancomycine-Resistente Enterokok (VRE), Extended Spectrum BetaLactamase-vormende bacterien (ESBL), Multi-Resistente Acinetobacter baumannii (MRAB) en vele andere. Samen met de ziekenhuishygiënist streeft de arts-microbioloog na om het ontstaan van ZHI te voorkomen en indien ze ontstaan verspreiding ervan in te perken. De jaren sinds 1995 worden dan ook gekenmerkt door het vaststellen van de besmettingen, het apart leggen dan de patiënten (isoleren) en het vervolgen van eventueel nieuwe gevallen van besmetting. Aan de bestrijding van MRSA wordt de naam gegeven "Search and destroy", een Nederlandse aanpak die in andere landen steeds meer navolging geniet.
- Opleiding toekomstige collega's
- Opleiding toekomstige analisten
- Beheer van het laboratorium
Buiten het ziekenhuis:
- Volksgezondheid: contact met de arts-infectieziekten over al dan niet-aangifteplichtige ziekten, die aangetoond worden in het laboratorium, nog vaak voordat de betekenis voor het gevaar van overdracht aan andere mensen bij anderen bekend is
- Registratie van resistentie tegen antimicrobiële middelen.
