Modelowanie molekularne
Z Wikipedii
Modelowanie molekularne - zbiór technik obliczeniowowych, które służą do modelowania i przewidywania własności cząsteczek lub układów ponadcząsteczkowych.
Modelowanie molekularne nierozłącznie jest związane komputerami, których moc obliczeniowa decyduje o dokładności wykonywanych symulacji rozmaitych zjawisk na poziomie pojedynczych cząsteczek. W układach o dużej złożoności stosuje się uproszczone założenia i/lub wychodzi się z pewnych założeń początkowych, wynikających z wcześniejszych danych eksperymentalnych. Ośrodki naukowe zaangażowane w modelowanie molekularne posiadają własne centra komputerowe lub korzystają z czasu, jaki jest im przydzielonych na superkomputerach należących do innych.
Modelowanie molekularna znajduje m.in. zastosowanie w nanotechnologii, do projektowania leków, poznawania struktur biologicznych, których sekwencja jest znana a budowa i funkcja jeszcze nie, w badaniach materiałowych i w wielu innych miejscach.
Istnieją również projekty związane z modelowaniem molekularnym, które wykorzystują moce spontanicznie tworzonych przez wolontariuszy sieci obliczeń rozproszonych, np projekt Rosetta@home, zajmujący się poszukiwaniem nowych leków przeciwnowotworowych.[1]
Molekularne modelowanie jest rutynowo stosowane do poznawania struktury dynamiki i termodynamiki rozmaitych związków chemicznych. W biologii molekularnej przy użyciu modelowania molekularnego badano zwijanie białka, katalizę enzymów, stabilność białek, cząsteczkowe rozróżnianie powierzchni białek i DNA. Intensywnie rozwijane są kierunki poszukiwań metod i materiałów nanotechnologicznych.
[edytuj] Programy używane w MM
- GPL-podobne
- open source
- komercyjne
- Gaussian
- HyperChem
- Cerius2
- InsightII
- Molsoft ICM
- PyMOL
- VMD
- GROMOS
- Sirius
- NOCH
- Sybyl
- MOE
- Agile Molecule
- SPARTAN
- Millsian
