微生物生態學是研究微生物之間及與環境相互作用的學科，旣包括真核細胞也包括原核細胞。
在地球上，微生物無所不在，在整個生物圈中都可發現。除非最爲極端的環境，它們在酸性湖泊、深海、冰凍的地方和熱泉口都能夠生存。隨著研究的不斷深入，微生物在全球物質能量循環中起到的作用被越來越多地認識到，對微生物生態學的研究將對氣候、環境研究起到至關重要的作用。
微生物生態學的核心問題包括：
由於環境中只有很小比例的微生物能夠在培養基中分離，目前分子生物學方法被普遍採用，即分子生態學。
隨著衛星遙感技術的發展，人造衛星照片可以幫助監測全球性的微生物發展變化，提供更準確的信息，如水華的產生。
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